Brigjet e Detit Mesdhe, pjesa më e madhe e të cilave deri në shekullin e 15-të kanë qenë të mbuluara me pyje të dendura, janë duke u dëmtuar dhe kercenohen nga nje ndotjeje rrënuese.
Shpyllëzimi për të hapur toka të reja. Për të zgjeruar qytetet ose për të siguruar materiale ndërtimi, ka sjellë si rezultat një erozion të pandreqshëm.
Përveç materialeve të ngurta që transportohen nga shiu, lumenjtë derdhin në det ndotës të tillë, si: lëndë larëse, pesticide dhe metale të rënda.
Lumi Ronë në Francë, Nili në Egjipt, lumi Po në Itali, Ebro në Spanjë dhe lumenj të tjerë sjellin sasi në rritje të mbetjeve bujqësore dhe industriale.
Një rezultat i drejtpërdrejtë i kësaj ndotjeje janë ndryshimi i ngjyrës se ujërave, që ka prekur zona të ndryshme të deteve Adriatik dhe Egje.
Kjo dukuri shkaktohet nga eutrofizimi. Ky proces ndodh kur mbetjet që dekompozohen i harxhojnë ujit oksigjenin e tij të tretur. Konsumi i oksigjenit mbyt një pjesë të madhe të florës dhe faunës.
Disa prej zonave të tjera që kërcënohen nga kjo dukuri janë: Gjiri i Lionit ne Francë, Liqeni i Tunizit ne Tunizi, Gjiri i Izmirit ne Turqi dhe Laguna e Venecias ne Itali.
Ekosistemi bregdetar është dobësuar deri në atë pikë, sa llojet e huaja për Mesdheun janë në gjendje të zëvendësojnë llojet vendase.
Një shembull tipik është alga vrasëse, Caulerpa taxifolia, e cila zhduk llojet e tjera detare. E ardhur rastësisht nga brigjet e Monakos, ajo ka filluar të përhapet tani në fundin e detit. Është helmuese, nuk dihet të ketë grabitqarë dhe tashmë është përhapur gjerësisht.
Lajmet e këqija nuk mbarojnë këtu, në Mesdhe janë futur më shumë se 300 organizma të huaj detarë. Shumica kanë ardhur nga Deti i Kuq përmes Kanalit të Suezit. Disa kërkues mendojnë se kjo ndotje biologjike është e pakthyeshme. Ajo mund të jetë një prej problemeve më të mëdha ekologjike të shekullit të ardhshëm.
Flora mesdhetare ndesh shumë rreziqe, njëri prej të cilëve është shkatërrimi i livadheve me Posidonia. Ato luajnë në det rolin e mushkërive, të rezervës së ushqimeve dhe shërbejnë, gjithashtu si një strehë ku riprodhohen qindra specie detare.
Fauna e detit është po ashtu nën kërcënim. Foka e Mesdheut, një prej 12 specieve më të kërcënuara në botë, është në prag të zhdukjes. Në vitin 1980, në Mesdhe kishte gati 1.000 foka. Por ato janë zhdukur në masë nga gjuetarët dhe peshkatarët dhe sot kanë mbetur vetëm 70 deri në 80 prej tyre.
Breshkat e ujit të kësaj zone i shtrojnë tani vezët e tyre vetëm në plazhet e Greqisë dhe Turqisë. Vezet disa herë shkelen nga këmbët e turistëve. Breshkat e ujit shpesh ngecin në rrjetat e peshkimit dhe përfundojnë në menunë e restoranteve.
Karkaleci merimangë i detit, molusku me guaskë të ashpër dhe midhja hurmë i janë shtuar listës së specieve të rrezikuara.