Aplikimi i metodave gjenetike, në këtë fushë paraqet disa vështirësi në krahasim me punën mbi kulturat bujqësore. Së pari, këtu eksperimentatori ka të bëjë me një numër shumë më të vogël individësh. Ne rradhe te dyte, intervali ndërmjet dy breznive është më i gjatë se në bimët. Së treti, përftimi i linjave të pastra këtu është shumë më i vështirë se në bimët. Tek të cilat kjo arrihet lehtë me anën e vetëfekondimit ose të shumimit vegjetativ. Këto vështirësi bëjnë që puna për krijimin e racave të reja te kafshët të kryhet në kushtet e prodhimit.
Shumica dërrmuese e mutacioneve gjenetike tek kafshët shtëpijake janë të dëmshme. Per me teper shkaktojnë një sërë anomalish të lindura. Metoda më e mirë e eliminimit ose e ndalimit të përhapjes së këtyre mutacioneve dhe difekteve është ajo e kontrollit të pasardhësve. Kryesisht te demat që përdoren për ndërzim artificial me një numër bijash të tyre. Në qoftë se një dem i tillë do të jetë mbartës heterozigot i këtyre difekteve. Atëherë ndër këta pasardhës do të shfaqen individë me anomali të tilla. Dema të tillë duhet të eliminohen për të penguar përhapjen në tufa të mutacioneve dhe anomalive të tilla.
Edhe metoda e poliploidisë ose në përgjithësi e ndryshimit të numrit të kromozomeve nuk ka sjellë tek kafshët rezultate ekonomikisht të dukshme. Dihet vetëm se duke përpunuar me olkicine spermën e lepujve u arrit të merren disa lepuj triploidë me peshë 1,5 herë më të madhe se paraardhësit e tyre normalë. E njëjta gjë u vu re edhe tek derrat. Por duhet thënë se këtp forma poliploide të përftuara deri sot kanë qenë gjithnjë të paafta për t’u riprodhuar.
Krijimi i racave me prodhimtari të lartë të kafshëve shtëpijake ka qenë fryt i një pune të gjatë e këmbëngulëse. Kjo pune eshte shpesh komplekse dhe kerkon seleksionime gjenetike të pandërprrera.
Duke zgjedhur çiftin e kafshëve që do të kryqëzojë, njeriu përdor kryesisht dy metoda. Metoda e pare inbridingu, pra kryqëzim i kafshëve që kanë afërsi gjaku. Metoda e dyte eshte hibridizimi, ose kryqëzim i individëve të racave të ndryshme.
Inbridingu është kryqëzim i kushurinjve më të afërt ose kryqëzim brenda gjakut që koncentron trashëgueshmërinë dhe cilësitë e dobishme të linjave të pastra (inbred). Por njëkohësisht zbulon në to edhe të gjitha mutacionet recesive që në paraardhësit e tyre ishin maskuar. Individët që dalin nga inbridingu i nënshtrohen një seleksionimi për të nxjerrë e shumuar individët më të përshtatshëm. Me anën e inbridingut mund të konsolidohen cilësitë e dobishme të një race kafshësh.
Krijimi i linjave të pastra në kafshët shtëpijake, ashtu si dhe në bimët, shoqërohet me shfaqjen e një ulje të vitalitetit dhe të prodhueshmërisë së tyre. Eshtë vënë re se gjatë kryqëzimit të dy individëve që u përkasin dy linjave të pastra të ndryshme dalin pasardhës që e rrisin tepër prodhimtarinë. Pasardhesit kane peshë me te madhe dhe intensitet te larte rritje.
Kryqëzimit ndërracor ka gjetur përdorim të gjerë në rritjen e gjedhit për mish, të shpendëve për mish dhe të derrave. Nga këto kryqëzime në gjedhe është arritur të merren 50-60 kg mish për kokë më tepër se në linjat e pastra paraardhëse. Veç kësaj, këto kryqëzime karakterizohen edhe nga një shpejtësi shumë më e madhe e rritjes. Kështu. p.sh. hibride të tilla në pulat kanë një intensitet kaq të lartë sa që zogjtë vetëm 6 javë pas lindjes arrijnë peshën për t’i nxjerrë në treg.
Kjo metodë u shtri edhe më tej për krijimin e një race të re të gjedhit për mish, Santa-Gertruda. E cila trashëgoi cilësitë e shquara për mish të Shortornit dhe qëndresën e Zebusë ndaj të nxehtit të zonave tropikale. Nga kryqëzimet e para u zgjodh vetëm një dem me anën e të cilit u krye inbrindingu për konsolidimin e tipareve të kësaj race të re.
Një rol mjaft të rëndësishëm për rritjen e prodhimtarisë së gjedhit e të dhenve, e në një masë më të vogël edhe të disa llojeve të kafshëve të tjera. Ka luajtur aplikimi i teknikës gjenetike të ndërzimit artificial. Me anën e kësaj mënyre bëhet i mundur ndërzimi i 100 deri 200 lopëve me një ejakulat të vetëm. Në këtë mënyrë, merren nga një dem me potencial të lartë gjenetik një numër më i madh pasardhësish se me ndërzimin natyror. Kuptohet se kjo bën të mundur një përmirësim më të shpejtë të racës në një drejtim të dëshiruar.
Në vendin tonë kjo metodë gjenetike u fut për herë të parë në vitin 1953 në dele. Disa vjet më vonë metoda u aplikua edhe në lopë. Para viteve 90te në vendin tonë u ndërzyen artificialisht rreth 40% e deleve dhe 60% e lopëve. Për këtë qëllim janë shfrytëzuar dema pedigree «Laramane e zezë» me prodhimtari 6000 litra dhe “Sukthi” me 4009 litra. Përmirësimi gjenetik i gjedhit në vendin tonë është rikthyer me ritme të shpejta ne fermat e medha. Por mbetet nje problem ne fermat e vogla ku racat kane filluar te bastardohen.