Shkatërrimi i pyjeve dhe kullotave në male dhe shndërrimi i tokës bujqësore në troje banesash po dëmton florën dhe faunën shqiptare dhe disa nga habitatet më të rralla në Europë, cilëson një studim i PNUD mbi ndikimin e faktorëve njerëzore dhe klimaterikë në mjedis.
Degradimi i habitateve po shndërrohet në rrezik për pasurinë natyrore të vendit lajmëron programi i Kombeve të Bashkuara. Shndërrimi i tokës së punueshme bujqësore në toka e përdorur për ndërtimin e banesave çon në degradimi i habitateve. Ndërkohë në zonat pyjore prerjet e paligjshme dhe shkatërrimi i livadheve dhe kullotave kanë një ndikim të madh në humbjen e habitatit.
Humbje të mëdha janë evidentuar në zonën bregdetare të Shqipërisë. Përmbytjet e shpeshta kanë denatyruar kushtet për rritjen e bimëve dhe kafshëve në këto zona.
Shqipëria ka tashmë një ligj për biodiversitetin dhe ligjin për mbrojtjen e zonave të mbrojtura, të cilat përmbajnë dispozita për mbrojtjen e biodiversitetit brenda zonave të mbrojtura, si dhe jashtë tyre. Por pavarësisht institucioneve të shumta dhe ligjeve të posaçme ende mungojnë inventarët e sakta mbi speciet dhe sidomos ato të kërcënuara.
Shqipëria brenda territorit të saj ka ekosisteme detare, zona bregdetare, liqene, lumenj, shkurre me gjelbërim të përhershëm, pyje me gjethe të gjera, pisha, kullota alpine dh livadhe. Gjithashtu në Shqipëria gjenden edhe ekosistemet e maleve të larta.
Shqipëria është gjithashtu e njohur për rrjetin e pasur hidrografik e përbërë nga lumenj, liqene, ligatinat, ujërat nëntokësorë dhe detet.
Në Shqipëri ka 3200 bimë të larta, 800 lloje kërpudhash, 313 lloje peshqish, 323 lloje zogj, 36 lloje zvarranikë, etj. Shqipëria numëron 150 lloj speciesh krejtësisht të sajat që nuk rriten e zhvillohen në asnjë vend tjetër. Në Shqipëri gjenden edhe 400 specie bimore ballkanike të rralla dhe 18% e specieve të rralla europiane.
Programi NAPA menaxhon rrjetin e zonave të mbrojtura dhe rrjeteve të tjera natyrore si Natura2000. Gjithashtu ky program monitoron florën dhe faunën në këto zona. Qeveria e Shqipërisë ka krijuar një sistem përfaqësues të Zonave të Mbrojtura (ZM), i cili mbulon pothuajse 16% të territorit shqiptar. Sistemi i zonave të mbrojtura konsiston kryesisht në 15 parqe kombëtare, në disa rezerva natyrore të menaxhuara dhe peizazhe të mbrojtura, në të cilat gjendet shumica e specieve.
PNUD vë në dukje se programi NAPA nuk ka prodhuar ndonjë raport monitorimi mbi biodiversitetin që në vitin 2017.